Если core.sharedRepository не был установлен, то это почти наверняка проблема. Запуск команды, которую вы цитировали, работал правильно для меня. Однако установка значения в true не имеет обратной силы исправления ранее некорректных действий. Вам нужно будет рекурсивно сбросить разрешения и групповое владение файлами и каталогами в общем хранилище git.
Я не совсем уверен, как это сделать на вашем сервере Windows, не в последнюю очередь, потому что вы не определили, какая версия Windows. Однако в обычном приглашении оболочки (и msysgit вполне может предоставить эту команду в окне windows) вы можете перейти в общий каталог git-репозитория и выполнить:
chmod -R ug+rwX .
chgrp -R groupname .
Вам, очевидно, нужно выбрать правильное имя группы самостоятельно. Другой вариант - изменить значение core.sharedRepository на «all», изменить разрешения с помощью chmod -R a+rwX ., а затем настройка группы не имеет значения.