Если вы не используете ORM в PHP, вам не следует использовать SQLAlchemy ORM или язык SQL-Expression, а использовать необработанные команды SQL. Если вы используете APC, убедитесь, что у Python есть права на запись в папку, в которой находится ваше приложение, или что файлы .py предварительно скомпилированы.
Также, если вы используете умный кеш, рассмотрите возможность включения кеша Mako ради справедливости.
Однако есть одна загвоздка: адаптер Python MySQL невероятно плох. Для соединений с базой данных вы, вероятно, заметите либо низкую производительность (если SQLAlchemy выполняет декодирование unicode для себя), либо утечка памяти (если это делает адаптер MySQL).
Обе проблемы, которые вы не имеете с PHP, потому что нет поддержки Unicode. Так что для полной справедливости вам придется отключить Юникод в соединении с базой данных (что, однако, невероятно плохая идея).
Итак: кажется, что нет справедливого способа сравнить PHP и Pylons:)