Создание тестового бинарного файла, отличного от того, что пойдет в производство, - плохая идея.Если у вас есть конфигурация в манифесте, рассмотрите возможность ее перемещения в файл конфигурации, который не является частью вашего скомпилированного кода.Затем вы можете иметь тестовую и рабочую версию вашего конфигурационного файла.
Редактировать: Насколько я понимаю, вы в основном пытаетесь выполнить модульное тестирование вашего pom.xml.Я не стал бы беспокоиться об этом на вашем месте, особенно если я тестирую содержимое файла, который в любом случае не будет частью скомпилированного архива (файл манифеста ваших тестовых ресурсов).Однако проблема, которую вы пытаетесь решить, заключается в том, что вы хотите фильтровать свои тестовые ресурсы, и вы делаете это, явно объявляя свои тестовые ресурсы и устанавливая фильтрацию в true.
<testResources>
<testResource>
<directory>src/test/resources</directory>
<filtering>true</filtering>
....
Если вы используете maven2.1 или более поздней версии, вы можете пропустить материал antrun и просто использовать вместо него $ {maven.build.timestamp}.