Вы на самом деле в режиме LaTeX?
Единственный emacs, который я сейчас должен передать, это 21.2.1, установленный с Cygwin, но если я попробую
Line 1
% a comment
Line 2
Line 3
в режиме LaTeX, нажимая Esc-Q (или Esc-X, заполняющий абзац) дает мне
Line 1
% a comment
Line 2 Line 3
Однако, если я делаю текстовый режим Esc-X и повторяю (Esc-q или Esc-X fill-абзац), я получаю
Line 1 % a comment Line 2 Line 3
Другими словами, emacs правильно обрабатывает комментарий LaTeX, если он находится в правильном режиме, но (что неудивительно), если он обрабатывает документ как обычный текст