Во-первых, возьмите SWFObject и используйте его для встраивания вашего флэш-фильма.
Затем установите wmode
на opaque
вместо transparent
, так как прозрачный w-режим очень требователен к процессору, и они оба уважают Z-индексы в одном отношении.
Это будет выглядеть примерно так:
var so = new SWFObject("XML_Banner.swf", "XML_Banner.swf", "625", "245", "8","#ffffff");
so.addParam("wmode", "opaque");
so.write("flash")