Не думайте, что это все еще актуально, но все же может помочь кому-то еще.
попробуйте вручную скопировать granted.policy
файл в glassfish
соответствующий каталог
(PATH_TO_GF\glassfish-3.1\glassfish\domains\<domain_name>\generated\policy\app_name\app_name>\).
Если у вас нигде нет этого файла, просто создайте его со следующим содержанием
grant {
permission javax.security.jacc.WebResourcePermission "/";
permission javax.security.jacc.WebUserDataPermission "/";
};