Хорошо, я постараюсь ответить: после загрузки изображения, более или менее, псевдокод:
Bitmap bmp = new Bitmap("MyCooolSemiTransparentImage.png");
bmp.MakeTransparent(colorHaveToBeRenderedTransparent);
colorHaveToBeRenderedTransparent - цвет, результаты которого не прозрачны после загрузки его в Bitmap
объект.
EDIT
если с alphachannel все в порядке, вот простое руководство по рисованию изображения на WinForms:
msdn: DrawImage
Вызовите метод, предоставленный в ваших формах переопределения OnPaint, и вы получите то, что вы хотите.
Надеюсь, это поможет.
Привет.