У меня 2 мастер-страницы, и я хочу переключить мастер-страницу в зависимости от сайта, поэтому я хочу справиться с переключением мастера в коде.
Это на самом деле довольно легко сделать. Проверьте http://odetocode.com/Articles/450.aspx для подробного ознакомления с ним.
По сути, вы собираетесь переопределить обработчик PreInit и указать страницу, которую хотите использовать.