В дополнение к рекомендации @ Kasun, это также зависит от кода, который увеличивает вашу MasterPage.Вы также можете иметь функции javascript в файлах .js и ссылаться на них в MasterPage, поэтому они останутся меньше и чище.То же самое относится и к файлам .css.
<script src="../Scripts/jquery-1.6.2.js" type="text/javascript"></script>
<link href="../CSS/tooltip.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
Надеюсь, это поможет!