Если вы используете API-интерфейс ZView GraphViewer (аналогично средствам просмотра JFace), пусть ваш LabelProvider расширяет IEntityStyleProvider, который обеспечивает необходимый метод обратного вызова getBackgroundColor () (среди прочих).
Тем не менее, если вы используете базовый API-интерфейс Graph, вам необходимо вручную установить цвет всех узлов, используя набор GraphNodes * Color method.