Хороший вопрос, на мой взгляд, это очень плохо документировано где-либо.
Вы почти у цели: вам нужно закрыть свой макет "контейнер", вызвать новую страницу, затем открыть новый макет для следующей страницы:
ods pdf file="file.pdf" startpage=never;
* page 1;
ods layout start <dimensions>;
ods region <dimensions>;
proc whatever; run;
ods region <dimensions>;
proc whatever; run;
ods layout end;
*<etc. for page 1 content>;
* start page 2;
ods pdf startpage=now;
* page 2;
ods layout start <dimensions>;
ods region <dimensions>;
proc whatever; run;
ods region <dimensions>;
proc whatever; run;
ods layout end;
*<etc. for page 2 content>;
ods pdf close;