На самом деле, «Microsoft» - это просто «Название компании», которое вы ввели (похоже на пропущенный ввод) при установке Visual Studio.Поэтому каждый проект по умолчанию имеет название компании как «Microsoft» в информации о версии.
Либо переустановите Visual Studio с именем вашей компании, либо измените Assembly info - Company в каждом новом создаваемом вами проекте.Это то, что вы видите, когда щелкаете правой кнопкой мыши по EXE-файлу и переходите на вкладку Properties->Details.
Параметры по умолчанию в Properties > Publish > Options должны быть взяты из Assembly info