Если у вас есть два веб-сайта и одна и та же кодовая база, вы также можете запускать их внутри одного пула приложений, так как изменения кода уже представляют собой риск.
Теперь, если один из них потенциально может иметь намного больший трафик, чем другой, то вы можете захотеть сделать отдельные для установки разных лимитов ресурсов для каждого сайта.