У меня просто была такая же проблема.В моем случае я перемещал файлы в моей рабочей области в подпапки и указывал группы в подпапках.Я считаю, что это вызвало коррупцию.
К сожалению, у меня нет ответа - хотя я много чего пробовал.Восстановление резервной копии файла поверх поврежденной не сработало.Файл xcdatamodel должен иметь какие-либо собственные ссылки.Если вы откроете его как пакет, а затем откроете то, что находится внутри пакета, вы увидите 2 файла: «элементы» и «макет».Если вы скопируете их и переименуете в расширение .plist, вы увидите, что внутри.Это довольно сложная работа с этими списками (выглядит как архив объектов), но вы можете увидеть что-то очевидное.
В итоге я восстановил весь каталог проекта в новом месте, открыл проект и смог его обрезатьи вставьте сущности в совершенно новую модель данных.Слава богу за Машину времени!