После некоторой настройки мне удалось устранить ошибки:
Сначала я удалил библиотеку с именем 'EAR библиотеки' из пути сборки каждого из моих обычных проектов Java (я понятия не имею, почему Eclipse добавил их, их там быть не должно).
Затем для каждого проекта EAR я удалил и повторно добавил каждый проект или jar, которые не были частью EAR (обычные проекты Java, другие проекты EJBClient и т. Д.).
Это решило проблему отсутствия классов, которые не включены в EAR, но у меня возникла ошибка «циклическая зависимость».
Я сузил эту ошибку до проектов, которые ее вызвали - это был обычный проект Java, который использовал проект EJBClient какого-то приложения в своем пути сборки, а проект EJBClient также использовал проект Java в своем пути сборки.
Звучит банально, тогда почему я вообще не видел этого? Ну, я посмотрел на EAR-проект приложения, и у него не было java-проекта в сборке развертывания, а у EJBClient не было Java-проекта как «требуемого проекта». Так где это было?
Проект java находился в библиотеке «EAR библиотеки» проекта EJBClient, которая, согласно Eclipse, автоматически генерируется в соответствии с файлом «MANIFEST.MF» (который был пуст, кстати).
Поэтому я просто удалил и заново добавил библиотеку 'EAR библиотеки' из пути сборки проекта EJBClient, и это решило проблему, и теперь все работает.
В заключение, похоже, что в плагине OEPE для Eclipse есть некоторые ошибки, которые необходимо исправить.