Класс должен быть сериализуемым в XML для сохранения в настройках приложения. Чтобы быть XML-сериализуемым, класс должен иметь свойства чтения / записи (только те свойства будут сохранены в XML). Поскольку класс Matrix имеет только свойства ReadOnly, ничего не сериализуется.
Вам придется создать свой собственный класс, который предоставляет данные, которые вы хотите сериализовать, со свойствами чтения / записи.