Чтобы конкретно ответить на ваши вопросы, git commit фиксирует эти файлы в индексе, включая файлы, которые не изменились по сравнению с тем, что находится в хранилище. Есть несколько способов включить файл в индекс (см. Справочную страницу git-commit).
Git фиксирует файлы на основе их хеш-кода; если он не изменяется (как в случае, если файлы действительно не изменены), то ничего не сохраняется. Но в любом случае, независимо от того, был ли файл неизменен при фиксации, git commit не повредит хранилище.