Вы должны удалить не буквенно-цифровые символы как из ввода, так и из соответствующего термина. Попробуйте вызвать что-то подобное для обоих значений req.term и item.label в исходной функции:
function stripNonAlphaNumeric(string){
var r = string.toLowerCase();
r = r.replace(new RegExp("[^A-z0-9 ]", 'g'), "");
return r;
}
http://jsbin.com/ufetiq/3