К сожалению, вы не можете достичь этого согласно документации.
Заявлено здесь: iPad - Цвет рамки Popover
Все, что вы можете сделать, чтобы установить цвет для ландшафтного режима, следующим образом:
self.navigationController.navigationBar.tintColor = [UIColor orangeColor];