Этот парень (), кажется, написал небольшой класс Java и командный файл с хорошими инструкциями, чтобы сделать это здесь: http://www.crionics.com/products/opensource/faq/signFree.htm#DownloadTools
Если вы хотите сделать это самостоятельно, ключевые строки в файле .bat, похоже, используют
keytool -export -rfc -keystore %KEYSTORE% -storepass %PASSWORD% -alias %ALIAS% > %CERT_64%
java -classpath %JAVACLASSPATH% ExportPrvKey %KEYSTORE% %PASSWORD% %ALIAS% > %PKEY_8%
openssl enc -in %PKEY_8% -a >> %PKEY_64%
openssl pkcs12 -inkey %PKEY_64% -in %CERT_64% -out %CERT_P12% -export
где ExportPrvKey выполняет этап извлечения закрытого ключа из хранилища ключей.