Я не знаю из вашего вопроса, могут ли быть кросс-платформенные проблемы, но есть некоторые различия в распознаваемых символах новой строки между платформами (такими как Unix и DOS), которые могли бы объяснить эту проблему. Я не уверен, но я думаю, что Блокнот использует "/ r / n", и это может не распознаваться вашим кодом как разделитель строк.
Взгляните на Википедия - новая строка
и конкретно в этом разделе: «Различные соглашения о переводе строки часто приводят к некорректному отображению текстовых файлов, которые были переданы между системами разных типов. Например, файлы, созданные в системах Unix или Apple Macintosh, могут отображаться как одна длинная строка в некоторых программах Windows. И наоборот, при просмотре файла, происходящего с компьютера Windows в системе Unix, дополнительный CR может отображаться как ^ M в конце каждой строки или как разрыв второй строки."
Надеюсь, это поможет.