Нашли решение, ну вроде.
Работает в mootools 1.2.1. Я подправил код для исчезновения div'ов, а не img.
Я положил это в мою голову:
<script type="text/javascript" src="mootools-1.2.1-core-yc.js"></script>
<script type="text/javascript">
var fade_in = 1;
var fade_out = 0.5;
</script>
</head>
<body onload="$$('div.box_panel').fade(0.5);">
а потом это на моих делах.
<div id="box1" class="box_panel" onmouseover="this.fade(fade_in);" onmouseout="this.fade(fade_out);">
<h2>Box One</h2>
<p>This is a content box and some sample content to pad it out.</p>
</div>
Проблема сейчас в том, что я не уверен, как получить такой же эффект в 1.11