У вас есть несколько вариантов
(1) Используйте оболочку GNUPLOT-CPP (скачать здесь: http://code.google.com/p/gnuplot-cpp/)
Это поможет вам в руководстве / документах
(2) Простое решение. Сохраните ваши значения в файл, скажем «DATA.txt», затем вызовите из cpp (команда exec) скрипт типа «plot.plt», который выглядит примерно так:
#!/usr/bin/gnuplot -persist
set terminal postscript
set output "TXTFILE.ps"
unset key
#set title "Titel"
set xlabel "cy/px"
set ylabel "SFR"
(...)
set grid
plot "DATA.txt" using 1:2 smooth csplines w l ls 1,\
"DATA.txt" using 3:4 smooth csplines w l ls 2
# EOF
Как видите, он отобразит DATA.txt, который вы только что вывели. Используйте google для всех предыдущих сценариев gnuplot, например,