Если вам нужно спросить, лучше использовать sqlite. Это работает и быстро.
Преимущество использования плоского файла перед ним заключается в том, что вы не зависите от sqlite. Недостатки его использования в том, что у вас нет встроенных индексов, поэтому все запросы будут выполняться медленнее. Потребуется много усилий, чтобы разработать его и убедиться, что он не содержит ошибок.