Нет, это невозможно.
Это связано с тем, что cvs требует некоторых метаданных, хранящихся в папке CVS, для выполнения некоторых операций, включая фиксацию. Наиболее важными записями в этом случае являются Root и Repository.
Root указывает местоположение хранилища cvs (хотя технически это можно указать в командной строке). Repository сообщает вам путь к файлу в хранилище. Этот второй нельзя передать в командной строке, поэтому у вас нет способа сообщить cvs, какой файл в репозитории действительно применить какие-либо изменения.
Раздел 2.3 руководства CVS объясняет больше о файлах в папке CVS.