Используя ваш пример, просто замените / N в find на / C, чтобы получить счетчик процессов.
tasklist /FI "IMAGENAME eq myapp.exe" 2>NUL | find /I /C "myapp.exe"
Тогда вы можете просто уменьшить его до:
tasklist | find /I /C "myapp.exe"
Хотя, как отмечает Андрей М, он будет совпадать с myapp.exe и notmyapp.exe.
Что касается второй части вашего вопроса, просто сделайте это:
set a=tasklist /FI "IMAGENAME eq myapp.exe" 2>NUL | find /I /C "myapp.exe"
set b=tasklist /FI "IMAGENAME eq myapp2.exe" 2>NUL | find /I /C "myapp2.exe"
if not a==b do (
stuff
)