Я пытался сделать что-то подобное и не смог найти решение. Единственный обходной путь, который я смог найти, - это использование более старой версии Windows Media Encoder (думаю, это была версия 9), которая позволяла бы вам конвертировать в другой формат.
Большой проблемой было то, что кодек GotoMeeting был доступен только в Windows (и, возможно, Mac). Возможным обходным путем может быть настройка GotoMeeting для записи с использованием стандартного WMV, который не является настройкой по умолчанию.