Я еще не сталкивался с этим, но первое, что пришло в голову, это хорошо, каким должен быть путь. То есть, если я смотрю на какое-то имя файла из приложения, меня интересует путь относительно текущего рабочего каталога приложения, из которого оно было выполнено, или меня интересует папка установки приложения и пути относительно нее, глядя на документы, которые мне кажутся Adobe придерживалась той же мысли и предоставила возможность (и необходимость) указать:
http://livedocs.adobe.com/flex/3/html/help.html?content=url_requests_2.html#1030295
собирался скопировать, но в основном читал раздел под названием
Использование схем URL-адресов AIR в URL-адресах