Что-то мне здесь не совсем понятно. Прежде всего, образы EC2, работающие в облаке, аналогичны обычным виртуальным серверам, поэтому если у вас есть доступ к работающему экземпляру, нет никакой разницы между экземпляром в облаке и экземпляром на другом компьютере в вашем доме, например.
Вы должны выяснить, как устанавливаются opentaps на предоставленном amis, затем внести изменения, создать образ из измененного экземпляра и сохранить его в s3 для резервного копирования, если это необходимо.
Если вы хотите начать с свежего экземпляра, вы можете запустить любой дистрибутив linux / windows на EC2, установить opentaps самостоятельно и все готово.