Для вашего четвертого вопроса я просто попытался создать новый репозиторий на Github, который в каждом конкретном случае отличался бы от существующего (моего собственного аккаунта), и я получил сообщение «Имя уже занято». Так что нет, у вас не может быть двух репозиториев, отличающихся только регистром.
(В хранилище могут быть каталоги и файлы, отличающиеся только случаем, если ваша файловая система допускает это.)