Это зависит от типа конфигурации, на которую вы нацеливаетесь, даже если вы используете смешанные версии 2.0 и 4.0, об этом следует позаботиться во время выполнения.
Кажется, здесь задействовано много компонентов, вы уверены, что они построены с использованием правильных фреймворков?
Если вы построите клиент WCF на одной машине и нацелены на другую среду, отличную от той, которая установлена на машине, на которой он работает, это может привести к проблемам.
Я хотел бы узнать больше о вашей настройке, в частности, какие проекты у вас есть и какой профиль эти проекты нацелены.
Между тем, вы можете попробовать перехватить событие AppDomain.CurrentDomain.AssemblyResolve и найти сборку самостоятельно, это может сработать, но это также может помочь определить, где в вашем коде возникает эта проблема.