Для того чтобы это было прозрачно для приложений (т. Е. Не требовалось, чтобы приложение реализовывало другой API для сохранения / загрузки файлов для доступа к этим функциям резервного копирования), вы должны сделать это в операционной системе на слой ее файловой системы.
Файловая система ZFS может быть упакована для обеспечения описанных вами возможностей пользовательского интерфейса, но сомнительно, что эта файловая система когда-нибудь достигнет Windows (по крайней мере, напрямую).
Более простой способ думать об этом - взглянуть на сетевые системы хранения, которые могут предоставить вам необходимые функции.
Снимок NetApp предлагает возможности, которые можно использовать для этого на уровне сетевого хранилища. Он реализует CIFS, поэтому определенно доступен на окнах. Откройте свой кошелек.
Если вы считаете, что это чрезвычайно важная функция, вы можете рассмотреть другие ОС, кроме Windows; Поддержка файловых систем и файловых систем в операционных системах, отличных от Windows, более разнообразна.