Похоже, проблема заключается в том, что Git Extensions устанавливает надстройку только для текущего пользователя.
Если у вас возникла эта проблема при запуске VS 2010 от имени администратора, и вы установили Git Extensions под другим пользователемвойдите в систему, чтобы скопировать файлы надстройки Git Extensions - C: \ Users \\ Documents \ Visual Studio 2010 \ Addins - в каталог C: \ Users \\ Documents \ Visual Studio 2010, и Visual Studio найдет его.