Вы можете указать команды для запуска на удаленном компьютере в качестве последнего аргумента для ssh:
ssh user@remote 'mysql -u user ...'
Проблема с этим заключается в том, что это будет хлопотно иметь дело с различными "" выходами в команде (ах) mysql.
На мой взгляд, лучший способ - открыть туннель SSH для удаленного компьютера при подключении:
ssh -L 12341:127.0.0.1:3306 user@server &
Это подключит ваш локальный порт 12341 к порту удаленного компьютера 3306 (mysqld). После того, как соединение установлено, вы можете подключиться к нему с локального компьютера, например:
mysql -h 127.0.0.1 -p 12341
Таким образом, вы можете поместить свои операторы SQL в файл и поместить его в mysql:
cat commands | mysql -h 127.0.0.1 -p 12341
Не забудьте прервать соединение SSH после того, как вы закончите.
Обратите внимание, что для туннелирования требуется, чтобы на удаленном сервере было PermitTunnel "yes" в его sshd_config.