Я вернулся к тому, чтобы сделать персонал, который устанавливает приложение, нажимая на setup.exe вручную после того, как CAB распаковывает файлы.
Причина в том, что нет специального SDK для Win CE 6.0. Я боролся с этой проблемой в течение 2 дней без какого-либо решения в поле зрения.
Надеется, что это сэкономит кому-то время и усилия.