Не знаком с ADFS 1.0, но если вы планируете использовать FedUtil (добавить STS) и говорите о web.config для приложения ASP.NET (т.е. проверяющей стороны), просто сделайте резервную копию вашего web.config перед запуском FedUtil.
Затем сделайте резервную копию файла web.config после запуска FedUtil. При разработке или развертывании просто убедитесь, что вы используете соответствующий файл web.config.