Предполагая, что ваш сервер GoDaddy работает под управлением Linux, я не вижу причин, по которым это невозможно. Я просто просматривал документацию, и мне не ясно, с какой частью у вас возникли проблемы. Какой дистрибутив Linux вы используете? У вас есть доступ по SSH?
Если у вас есть доступ по ssh и учетная запись root, вы можете просто следовать инструкциям, чтобы запустить APE на порте по умолчанию.
Если вы используете дистрибутив Debian (Ubuntu и другие), похоже, вы должны загрузить исходный код из Git и скомпилировать его. Там есть инструкции по компиляции. Вы можете узнать, что вам нужно делать с Git, выполнив поиск "clone git".
Если вы можете более конкретно рассказать о том, с чем у вас проблемы, мы, вероятно, можем быть более полезными. Но в конечном итоге вы сможете установить его на любом выделенном сервере без проблем.