Получение обобщенных наименьших квадратов Средство для фиксированных эффектов в nlme или lme4 - PullRequest
Новая
       101

Получение обобщенных наименьших квадратов Средство для фиксированных эффектов в nlme или lme4

3 голосов
/ 02 декабря 2011

Наименьших квадратов Значения со стандартными ошибками для объекта aov можно получить с помощью функции model.tables: 

npk.aov <- aov(yield ~ block + N*P*K, npk)
model.tables(npk.aov, "means", se = TRUE)

Интересно, как получить обобщенные средние наименьших квадратов со стандартными ошибками от nlme или lme4 объектов: 

library(nlme)
data(Machines)
fm1Machine <- lme(score ~ Machine, data = Machines, random = ~ 1 | Worker )

Любой комментарий и подсказка будут высоко оценены. Спасибо

Ответы [ 2 ]

5 голосов
/ 02 декабря 2011

lme и nlme соответствуют максимальному или ограниченному максимальному правдоподобию (последний по умолчанию), поэтому ваши результаты будут основаны на любом из этих методов

summary(fm1Machine) предоставит вам вывод, который включаетСредние значения и стандартные ошибки: 

....irrelevant output deleted
Fixed effects: score ~ Machine 
               Value Std.Error DF  t-value p-value
(Intercept) 52.35556  2.229312 46 23.48507       0
MachineB     7.96667  1.053883 46  7.55935       0
MachineC    13.91667  1.053883 46 13.20514       0
 Correlation: 
....irrelevant output deleted

Поскольку вы установили фиксированные эффекты с помощью перехвата, вы получите термин перехват в результате с фиксированными эффектами вместо результата для MachineA.Результаты для MachineB и MachineC контрастируют с перехватом, поэтому, чтобы получить средства для MachineB и MachineC, добавьте значение каждого к среднему значению перехвата.Но стандартные ошибки - это не те, которые вам нужны.

Чтобы получить информацию, которую вы ищете, подгоните модель, чтобы в фиксированных эффектах не было термина «перехват» (см. -1 вконец фиксированных эффектов: 

fm1Machine <- lme(score ~ Machine-1, data = Machines, random = ~ 1 | Worker )

Это даст вам средства и стандартный вывод ошибок, которые вы хотите: 

....irrelevant output deleted
Fixed effects: score ~ Machine - 1 
            Value Std.Error DF  t-value p-value
MachineA 52.35556  2.229312 46 23.48507       0
MachineB 60.32222  2.229312 46 27.05867       0
MachineC 66.27222  2.229312 46 29.72765       0
....irrelevant output deleted
3 голосов
/ 02 декабря 2011

Цитировать Дугласа Бейтса из

http://markmail.org/message/dqpk6ftztpbzgekm

«У меня есть сильное подозрение, что для большинства пользователей определение lsmeans - это« числа, которые я получаю от SAS, когда я использую заявление lsmeans ». Мое предложение для получения таких номеров - купить лицензию SAS и использовать SAS, чтобы соответствовать вашим моделям. "

...