Не зная специфики, сложно сказать наверняка.
В небольшом проекте может быть немного эффективнее обрабатывать каждый запрос, поскольку он требуется, а не загружать включение, но в целом я бы сказал,да, это стоит сделать.
В вашем вопросе не указано, планируете ли вы загружать файл функций или класс базы данных.Как правило, вы хотите избежать повторения вашего кода ( DRY ), поэтому, если вы выполняете одинаковые или очень похожие запросы или даже разные запросы, но с одинаковой конфигурацией, включите файл класса или функций.