То, что вы ищете, называется схемой URL.http, ftp, ssl - все схемы URL, и вы можете определить свою собственную на любой платформе.
Это возможно и довольно часто используется, например, приложениями IPhone для запуска другого приложения iphone изокно браузера, когда пользователь нажимает на ссылку.Вот как iphone переходит с приложения safari на itunes.
Более подробная информация, включая наиболее распространенные схемы http://en.wikipedia.org/wiki/URI_scheme
Эта ссылка содержит основную информацию о регистрации схемы в Windows
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ie/aa767914(v=vs.85).aspx
Обычно они используются для открытия отдельного приложения, а не просто с другим URL-адресом, но вы можете делать то, что хотите, с помощью плагина.