Да.encodeURIComponent
кодирует символы, чтобы они не были неправильно истолкованы в URL (при транспортировке по HTTP);mysql_real_escape_string
экранирует строку, чтобы ее нельзя было неправильно интерпретировать в запросе MySQL (внутри базы данных).
Другими словами, у каждого из них совершенно разные функции;не говоря уже о том, что у вас есть ноль гарантия того, что запрос в вашем PHP-файле на самом деле исходит от вашего AJAX-вызова.