С помощью gnu-find вы можете искать весь проект.перейдите в корневой каталог проекта, а затем:
find PROJECT -type f -name "*.java" -exec ./pmatchd.sh {} ";"
Вам понадобится скрипт pmatchd.sh:
#!/bin/bash
#
dir=$(dirname $1)
d=${dir//\//.}
headline=$(head -n1 $1)
p=${headline#package }
if [[ $d";" != $p ]]
then
echo "mismatch: " + $d " " + $p + " " + $1
fi
Если вам это нравится, вы переместите его в папку впуть, а не в $ PWD.