Метод, предложенный @TamasPap, не работал для меня, и, поскольку я потратил часы на исследования и эксперименты, пока, наконец, не нашел работающий метод, я хотел поделиться им.
parent.$.fancybox.open({ href : 'iframe2.html', type: 'iframe'});
parent.$.fancybox.close({ href : 'iframe1.html'});
Вы можете указать любые опции, помощники или css после типа: 'iframe' так же, как при создании функции.