Каждый пул приложений - это экземпляр W3wp.exe, рабочий процесс для этого сайта или набора сайтов. Размещая каждое приложение в отдельном пуле приложений, вы гарантируете, что проблемы, которые могут вызвать проблемы в пуле приложений, не вызовут проблем с другими приложениями. Очевидно, что с точки зрения ресурсов есть издержки.
Так что обычно для простых сайтов и блогов я обычно помещаю их в общий пул приложений. Для более интенсивных или важных приложений я разделяюсь на отдельные пулы приложений. Это всего лишь руководство к тому, как я работаю.
Я считаю, что IIS7 теперь создает отдельные пулы приложений при создании веб-сайта (хотя не на 100%).