Вы можете использовать ipy 2.6 и использовать плагин и код pydev в eclipse. Мне жаль, что я прошу вас сменить вашу IDE (я знаю, насколько это может быть больно), но я использовал довольно много IDE, включая Visual Studio и Eclipse. Я считаю Eclipse лучшей IDE, которую я когда-либо использовал. Кроме того, в eclipse есть плагин для программирования на C #, поэтому я настоятельно рекомендую вам переключиться.
Интересным моментом использования плагина pydev для eclipse является то, что вы не столкнетесь с проблемами импорта, которые вы описали. Кроме того, проблема компиляции / интерпретации также решена.