Если у вас есть root-доступ к серверу, вы можете установить Ghostscript и запустить следующую командную строку:
gs -sDEVICE=pswrite -sOutputFile=- -q -dNOPAUSE With-Fonts.pdf -c quit | ps2pdf - > No-Fonts.pdf
Я пришел откуда-то из Интернета, не проверял - возможно, этот подход полезен.