То, что вы ищете, называется трансформацией. См:
Основные понятия исправлений и преобразований в ORCA
Обычно вы используете ORCA (или InstallShield Tuner или аналогичные инструменты), чтобы создать преобразование со значениями реестра, а затем сохранить его в MST-файле. Оттуда вы можете сказать:
msiexec / i foo.msi TRANSFORMS = foo.mst
И вы увидите ожидаемое поведение без изменения исходного MSI. Кроме того, если поставщик поставляет новый MSI, есть большая вероятность, что вы сможете применить MST к новому MSI. (YMMV в зависимости от того, что изменилось от выпуска к обращению в MSI.)
Кстати, хотя разработчикам установки важно понимать преобразования, ваш вопрос обычно рассматривается как вопрос развертывания ИТ и, возможно, относится к ServerFault.
Также следует отметить, что InstallShield имеет тип проекта Transform, позволяющий использовать полный интерфейс InstallShield для создания MST без непосредственного (если вам не нужно / не нужно) базовых таблиц MSI.