В предыдущем проекте, над которым я работал, требовалось то же самое, что мы делали: просто запускали окна на виртуальной машине (используя Parallels) и сохраняли исходный код решения MonoTouch в Windows, а затем использовали Parallels, чтобы делиться этим с OSX. где мы будем разрабатывать с использованием MonoDevelop. В Windows мы просто использовали бы Visual Studio для фиксации кода в TFS.
Это не самое лучшее решение, но оно работало хорошо. Приятным побочным эффектом этого является то, что вы всегда можете открыть несколько классов в VS + Resharper и легче очистить код, и он автоматически отображается в MonoDevelop.