Это, безусловно, никак не повлияет на производительность, так как там лежат только данные.
Если он будет включен в индекс Map / Reduce, который зависит от того, выполняется ли это отношение, возможно, это может вызвать эффект. Но с другой стороны, если бы это было так, вы бы получили мгновенную обратную связь по этому вопросу, поскольку индекс будет помечен как неисправный.
Из любопытства, как вы храните связанные идентификаторы? Вы храните их как полный ключ или просто ключ, если вы понимаете, о чем я? Я видел, как Айенде использовал полный подход, но я не знаю, какой подход лучший.