Если, например, ваши коллеги по-прежнему используют phpDoc, вы можете использовать конфигурацию INPUT_FILTER
для фильтрации нежелательных тегов:
$ grep INPUT_FILTER doc/doxygen.config
INPUT_FILTER = /home/gorgo/someproj/doc/doxygen.inputfilter
Сценарий inputfilter должен быть исполняемым, и его содержимое может быть примерно таким::
$ cat doc/doxygen.inputfilter
#!/bin/sh
grep -Fv '@package' $1 | grep -Fv '@category'